ระบบภูมิคุ้มกันเป็นระบบป้องกันโฮสต์ซึ่งประกอบด้วยโครงสร้างและกระบวนการทางชีวภาพมากมายภายในสิ่งมีชีวิตที่ป้องกันโรค เพื่อให้ทำงานได้อย่างถูกต้องระบบภูมิคุ้มกันจะต้องตรวจหาสารหลายชนิดที่เรียกว่าเชื้อโรคตั้งแต่ไวรัสไปจนถึงหนอนปรสิตและแยกความแตกต่างจากเนื้อเยื่อที่มีสุขภาพดีของสิ่งมีชีวิต ในหลายสายพันธุ์ระบบภูมิคุ้มกันสามารถแบ่งออกเป็นระบบย่อยเช่นระบบภูมิคุ้มกันโดยกำเนิดเทียบกับระบบภูมิคุ้มกันแบบปรับตัวหรือภูมิคุ้มกันของร่างกายเทียบกับภูมิคุ้มกันแบบเซลล์ ในมนุษย์อุปสรรคของเลือด - สมอง, เลือด - น้ำไขสันหลังกั้นและอุปสรรคของเหลวสมองที่คล้ายกันจะแยกระบบภูมิคุ้มกันส่วนปลายออกจากระบบประสาทซึ่งช่วยปกป้องสมอง
เชื้อโรคสามารถวิวัฒนาการและปรับตัวได้อย่างรวดเร็วดังนั้นจึงหลีกเลี่ยงการตรวจจับและการทำให้เป็นกลางโดยระบบภูมิคุ้มกัน อย่างไรก็ตามกลไกการป้องกันหลายอย่างยังได้รับการพัฒนาเพื่อรับรู้และต่อต้านเชื้อโรค แม้แต่สิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวธรรมดา ๆ เช่นแบคทีเรียก็มีระบบภูมิคุ้มกันพื้นฐานในรูปแบบของเอนไซม์ที่ป้องกันการติดเชื้อแบคทีเรีย กลไกภูมิคุ้มกันพื้นฐานอื่น ๆ วิวัฒนาการมาในยูคาริโอตโบราณและยังคงอยู่ในลูกหลานสมัยใหม่เช่นพืชและสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง กลไกเหล่านี้ ได้แก่ phagocytosis เปปไทด์ต้านจุลชีพที่เรียกว่าดีเฟนซินและระบบเสริม สัตว์มีกระดูกสันหลังขากรรไกรรวมทั้งมนุษย์มีกลไกการป้องกันที่ซับซ้อนมากขึ้นรวมถึงความสามารถในการปรับตัวเมื่อเวลาผ่านไปเพื่อรับรู้เชื้อโรคที่เฉพาะเจาะจงได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น ภูมิคุ้มกันแบบปรับตัว (หรือได้มา) จะสร้างหน่วยความจำทางภูมิคุ้มกันหลังจากการตอบสนองเบื้องต้นต่อเชื้อโรคที่เฉพาะเจาะจงซึ่งนำไปสู่การตอบสนองที่ดีขึ้นต่อการเผชิญหน้ากับเชื้อโรคชนิดเดียวกันในภายหลัง กระบวนการสร้างภูมิคุ้มกันที่ได้รับนี้เป็นพื้นฐานของการฉีดวัคซีน